首先，农业科研机构改革已进入克服困难的关键时期，面临着新的任务和挑战

长期以来，农业科研院所在动植物新品种培育、重大病虫害防治、科学种植技术研究推广等方面取得了巨大成就，为中国成功解决13亿人的饮食问题做出了重要贡献。经过多年的建设，我国农业科研机构建立了涉及农业产前、产中、产后的不同领域，贯穿中央、省、市不同层次的农业科技研发体系。通过科研体制改革，优化学科布局，完善运行机制，加强队伍建设，提高创新能力，取得了显著成效。目前，我国1000多家农业科研院所共有科技研发人员6.4万人，占我国农业科技研发人员总数的60%；主要农作物品种数占国家审计品种总数的80%以上，占省级审计品种总数的70%以上。农业科研机构已成为我国农业科技创新的主要力量，在国家农业科技创新中发挥着主导作用，是保障国家粮食安全、促进现代农业发展的不可替代的支撑力量。同时，与农业科技面临的新形势、新要求、国外先进农业科研机构的发展水平相比，我国农业科研机构的改革发展仍存在诸多问题。这些问题长期以来在我国科研领域普遍存在，在新发展阶段逐渐突出，在农业科研领域尤为突出。

首先，科研机构的布局和分工并不合理。目前，我国农业科研机构以中央、省、市三级农业科研机构为主体，基本按行政区划设置，不能充分反映农业生态特征和农业区划要求。现有各级农业科研机构学科专业设置相同，研究内容相同，不同层次没有科学合理的分工，“上下一般粗”问题突出。不同部门的农业科研力量缺乏密切联系。

二是科研经费总额不足，结构问题尤为突出。农业科研机构普遍反映，随着近年来国家农业科研投入的不断增加，科研机构“找打仗钱”压力大大减轻，但人员资金和日常公共资金严重短缺，已成为制约农业科研机构可持续稳定发展的制约因素“瓶颈”。据农业部三个研究院调查，2009年在职人员实际支出7.4297亿元，财政拨款2.6834亿元，仅为实际支出的36%。

第三，现代农业科研机构的管理体系尚未完全建立。一方面，由于相关管理体制改革的滞后，研究所的微观管理仍受到许多方面的限制，政府对科研机构的干预过多，以及科研机构自身的行政倾向。另一方面，科研机构自身的内部管理体系并不完善，以就业制度和岗位管理为重点的人事制度改革，以能力和绩效为重点的收入分配体系改革，以加强管理和提高效率为重点的科研管理体系改革尚未完全实现，科研机构管理还没有真正走上科学标准化的轨道。

四是部分农业科研院所在改革过程中定位不够准确。科研机构分类改革的初衷是将需要政府支持的公益研究机构与应向市场开发的应用研究机构分开，采取相应的支持和管理方式。但在实际操作过程中，有简单的“一刀切”或者根据比例确定非营利性科研机构数量，部分农业科研机构由于定位不准确，不仅未能转型为现代农业科技企业，而且对其基本发展能力和水平影响较大。“十二五”是加快现代农业发展的关键时期。在“八连增”推动现代农业发展的新高起点，面临粮食需求刚性增长、农业生产成本刚性上升、水土资源和环境生态刚性约束的巨大压力和挑战，必须加快农业科技进步，提高自主创新能力，创新农业科研机构体制机制。深化和完善农业科研机构改革，激发农业科研机构发展的内生动力，充分发挥农业科研机构在我国农业科技创新中的骨干和主导作用，为现代农业的可持续稳定发展提供强有力的科技支持。

二是深化和完善农业科研院所改革的总体思路

2011年3月，中共中央、国务院发布了《关于推进事业单位分类改革的指导意见》，指出了农业科研机构改革的基本方向和工作要求。不久前，国务院专门组织了深化科技体制改革，加快国家创新体系建设的研究。深化和完善农业科研机构改革，按照中央政府的总体部署，坚持和掌握以下三个要求：

一是坚持和把握中央改革政策的原则。按照中央关于推进事业单位分类改革和科技体制改革的总体部署，坚持实事求是、以人为本、改革创新，以促进农业科技发展、提高农业科技服务水平、满足农民科技需求为深化改革的根本目的，而不是简单地“减人，减机构”。加快管理体制改革，推进管理与企业分离，建立健全科研机构法人治理结构。深化人事制度改革，注重完善就业制度和岗位管理制度，转变就业机制，激活就业制度。推进收入分配制度改革，建立符合科研单位特点、反映岗位绩效的收入分配制度，调动科研人员积极性。推进社会保障制度改革，落实医疗、失业、工伤保险政策，妥善解决退休人员待遇和科研机构后顾之忧。

二是坚持和把握科研工作的规律性。要遵循科研工作的一般规律和要求，从科技创新的基本要素和保障条件入手，巩固科研机构的发展基础，增强科研机构的创新能力。坚持人才资源是第一资源，尊重知识，尊重人才，强化人才的主体作用，遵循人才成长规律，营造良好的工作氛围，调动农业科研人才的积极性、主动性和创造力。优化科研资源配置，大幅增加农业科研资金投入，切实加强农业科研条件建设，根据农业产前、产中、产后、科研上下游合理配置科研资源，确保农业科研关键环节和重点领域得到有效支持。鼓励联合合作，打破部门、地区、行业、单位和学科的界限，加强农业科研机构、农业高校、科研机构与农业相关企业、科研机构与推广体系的有效联动，推动大联合作，取得重大突破和发展。

三是坚持和把握我国农业科研的特殊性。农业是安天下、稳民心的战略产业。农业科技工作服务服务于服务。“三农”其科研成果惠及亿万农民，具有明显的优势“公共品”特点和社会福利特征。同时，农业科学研究的对象是动植物、微生物及其环境，受自然条件影响较大，季节性明显、风险特征明显，投资回报率低，社会投资相对不足。特别是在当前条件下，企业很难独立离开科研机构，成为农业科技创新的主体。因此，必须坚持和把握我国农业科研工作的特殊性，突出农业科研机构的公益特点，加大政府财政投入。坚持以产业需求为导向，以服务农业发展为科技活动的起点，以解决生产中的实际问题为科技成果的检验标准。